Дух бунтарства и ратоборчества проник в результате Смуты в круги православной церкви. Во время интервенции многие монастыри становились крепостями, держа оборону против захватчиков. Интервенция отождествлялась с католической экспансией, что усиливало непримиримость русского православного мировоззрения к западному христианству. Большой приток образованного православного духовенства шел с Украины, охваченной антикатолическими настроениями.
Во время Смуты и в первые десятилетия после нее православная церковь усилила свое влияние на государственную власть. Достаточно сказать, что отцом первого царя династии Романовых Михаила был патриарх русской церкви Филарет. Царская власть ощ\тиала этический контроль церкви. Однако в царствование Алексея Михайловича тенденции стали ощутимо угрожать самостоятельности церкви.
С другой стороны, меняющаяся социально-экономическая действительность требовала перемен в церкви, если она желала сохранить свое влияние на все российское население.
ни мне противоречивые тенденции: сохранить сильные позиции церкви и в тоже время реформировать церковь, — столкнулись в деятельности возведенного в патриархи в 1652 г. Никона. Как ни парадоксально, в 40-е г. Никон входил в Московский кружок ревнителей древнего благочестия вместе со своим будущим врагом протопопом Аввакумом. Участники кружка выступали за наведение порядка во время богослужений, за искоренение нравственных пороков из жизни священнослужителей, за сохранение православных, религиозных начал в духовной жизни населения.
Никон, вначале поддержанный большинством духовенства, в 1653 г. объявил об исправлении церковных книг и церковной обрядовости. Однако Никон взял за образец реформы не древнерусское православие, а новое греческое. Двоеперстие было заменено троеперстием, символом культа стал четырехконечный крест, вместо восьмиконечного, слово «аллилуйя» стало произноситься не дважды, а трижды, изменилась одежда священнослужителей и т. д. Исправление текстов богословских книг по греческим оригиналам осуществляли выходцы с Украины, усиливалось украинское влияние в иконописи.
В сознании народа это исправление воспринималось как смена веры. В результате спор о внешней религиозной атрибутике перерос в крайнее социальное противостояние среди всего населения России. Царская власть поддержала реформы, ибо видела в них духовное укрепление государства, возможность успешного присоединения Малороссии и сближения с Восточной Европой. Вот почему вслед за Никоном от ревнителей древнего благочестия отвернулся Алексей Михайлович. Начались преследования инакомыслящих. Аввакум и его сторонники были сосланы в Сибирь. Запылали костры, на которых гибли еретики. Так погиб в 1682 г. и несгибаемый Аввакум.
Неуемное честолюбие, жестокость и самоуверенность Никона не остались незамеченными царем. Рост вмешательства Никона в государственные дела стал нетерпимым, и вслед за ссорой царя с Никоном последний был низложен на Соборе 1666—67 г., где одновременно были утверждены никоновские реформы. Этот Собор окончательно подтвердил раскол русской православной церкви на государственную, никонианскую и на старообрядческую, на раскольников.
В рядах раскольников оказалось треть верующих из всех социальных слоев российского общества. Несмотря на жесточайшие преследования государства, старообрядцы проявили. фанатичную духовную стойкость, они оказались образованными носителями древнерусской духовности.
Старообрядчество в истории России не раз поднималось на знамени социальной борьбы как символ верности древним вольностям, как символ духовной самобытности. Примером слияния религиозного и социального в рядах раскольников стало Соловецкое восстание 1668—1876 гг., когда в сопротивлении совместно участвовали и старообрядцы, и сосланные разницы.